Fue construida en el sitio en donde el 25 de Julio de 1536 se realizó la primer misa en la ciudad, con motivo de la fundación de Santiago de Cali, realizada por el fraile Mercedario Fray Santos de Añasco. Es de anotar que dichas construcciones se realizaron en piedra, ladrillos hechos de barro y pegados con Argamasa a base de cal, cáscaras de huevo, sangre de animales y de esclavos.
La iglesia tiene un estilo barroco con influencias neoclásicas y coloniales, y alberga la imagen de la Virgen de La Merced más antigua de Nicaragua, que data de 1528. La iglesia fue declarada patrimonio histórico y cultural de la nación en 2012, y es el lugar donde se celebra la patrona de León el 24 de septiembre.
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